Secvențierea și analiza CNV a genei APC (polipoză adenomatoasă familială)

Pe scurt

Testul analizează gena APC, ale cărei variante cauzează apariția a numeroși polipi în colon (polipoza adenomatoasă familială, FAP), în forma clasică sau atenuată, și o formă rară limitată la stomac. Se adresează persoanelor cu polipi adenomatoși numeroși, mai ales cu semne tipice ale bolii, și rudelor lor. Testul se alege la consultația de genetică medicală.

Ce analizează

Gena APC funcționează ca o frână pentru creșterea celulelor din mucoasa intestinului. Fiecare om are două copii ale genei, câte una de la fiecare părinte. Când una dintre ele nu funcționează încă de la naștere, în colon apar, de obicei din adolescență, zeci, sute sau mii de polipi adenomatoși. Fără supraveghere și tratament, unii dintre ei devin cancer.

Testul citește gena prin secvențiere de nouă generație (NGS) și caută variantele de secvență. Analiza variațiilor numărului de copii (CNV) verifică, în plus, dacă lipsesc sau sunt dublate porțiuni mai mari din genă (deleții sau duplicații).

Boala se transmite autozomal dominant: fiecare copil al unei persoane afectate are o șansă de 50% să moștenească varianta. Conform GeneReviews, aproximativ 75–80% dintre persoanele cu boală legată de APC au un părinte afectat; la celelalte, varianta a apărut pentru prima dată.

Pentru cine este

• sute sau mii de polipi adenomatoși în colon, de obicei de la vârste tinere;
• zeci de polipi adenomatoși (adenoame), mai ales împreună cu polipi în duoden sau în stomac, mici tumori benigne ale oaselor (osteoame), tumori ale țesutului fibros (tumori desmoide) ori pete pe retină (hipertrofie congenitală a epiteliului pigmentar);
• polipoză a porțiunii superioare a stomacului, cu sau fără cancer gastric, fără polipi în colon.

Când tabloul nu e tipic, de exemplu 10–99 de adenoame fără alte semne, un panel de gene pentru polipoză acoperă mai bine întrebarea. Rudele fără simptome pot face testul țintit pentru varianta familială, după testarea persoanei afectate; dacă ea a decedat fără test, se analizează întâi ADN-ul păstrat de la ea.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: o variantă patogenă sau probabil patogenă confirmă o boală legată de APC. Conform GeneReviews, în forma clasică colonoscopiile se fac la 1–2 ani, începând de la 10–15 ani, iar momentul chirurgiei colonului se stabilește cu gastroenterologul și chirurgul. Urmează și supravegherea duodenului, a tiroidei și a altor organe. Rudele pot face un test țintit.
• Negativ: dacă în familie e cunoscută o variantă APC și nu o ai, nu ai moștenit boala. La o persoană cu polipi, rezultatul nu exclude o polipoză cauzată de alte gene, de exemplu MUTYH. Dacă suspiciunea de polipoză ereditară rămâne, în practica noastră discutăm la consultație secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• variantele din alte gene ale polipozei (MUTYH, POLE, POLD1, NTHL1 și altele);
• variantele prezente doar într-o mică parte dintre celulele din sânge (mozaicism), posibile la persoanele la care varianta a apărut pentru prima dată;
• unele variante din porțiunile genei care nu conțin instrucțiuni pentru proteină (regiuni necodante), inclusiv din zona care pornește gena (promotor), dacă nu sunt acoperite de analiză;
• fragmentele de ADN care și-au schimbat locul fără să lipsească sau să fie în plus (rearanjamentele echilibrate), pentru că nu schimbă cantitatea de ADN;
• vârsta la care vor apărea polipii sau cât de numeroși vor fi.

Cum se face

Proba este de sânge din venă, recoltat pe EDTA într-un centru partener; laboratorul acceptă și salivă, frotiu bucal sau ADN deja extras. Rezultatul vine, de obicei, în 21 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS), cu analiza CNV
• Variante raportate: variante de secvență în gena APC; variații ale numărului de copii (CNV), adică deleții sau duplicații
• Gene (1)

  • APC
• Probă: sânge periferic recoltat pe EDTA, cel puțin 3 ml (cel puțin 1 ml la copii); se acceptă și ADN extras (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (după instrucțiunile kitului)
• Durată: 21 de zile lucrătoare