Secvențierea și analiza CNV a genei MLH1 (sindromul Lynch)

Pe scurt

Testul analizează gena MLH1, una dintre genele sindromului Lynch, o predispoziție moștenită pentru cancerul colorectal, endometrial și alte câteva cancere. Caută atât variantele din secvența genei, cât și porțiunile care lipsesc sau sunt dublate. Se adresează mai ales persoanelor la care tumora a arătat lipsa proteinei MLH1. Testul se alege la consultația de genetică medicală.

Ce analizează

Gena MLH1 face parte din echipa care repară greșelile apărute când celulele își copiază ADN-ul. Fiecare genă există în două copii, una de la fiecare părinte. În sindromul Lynch legat de MLH1, una dintre copii nu funcționează încă de la naștere, iar în colon, în endometru sau în alte organe greșelile necorectate se adună mai ușor.

Testul citește gena prin secvențiere de nouă generație (NGS) și caută variante în secvența ei. Analiza variațiilor numărului de copii (CNV) verifică, în plus, dacă lipsesc sau sunt dublate porțiuni din genă.

Lipsa proteinei MLH1 într-o tumoră nu înseamnă automat o cauză moștenită. Adesea, în cancerul colorectal fără proteina MLH1, gena a fost oprită doar în tumoră, printr-o modificare chimică numită metilare. Conform PDQ, aproximativ 10–15% dintre cancerele colorectale sporadice sunt instabile din acest motiv și nu se moștenesc. De aceea, înainte de acest test, tumora se analizează de obicei pentru această modificare.

Pentru cine este

• tumoră colorectală sau endometrială la care analiza a arătat că gena MLH1 nu funcționează, fără ca gena să fi fost oprită doar în tumoră;
• cancer colorectal sau endometrial la vârstă tânără, la care analiza tumorii a sugerat sindromul Lynch.

Rudele fără simptome pot face testul țintit pentru varianta familială, după testarea persoanei afectate; dacă ea a decedat fără test, se analizează întâi ADN-ul păstrat de la ea. Când nu există o tumoră testată, un panel cu toate genele Lynch (HT-0268) răspunde de obicei mai bine la întrebare.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: o variantă patogenă sau probabil patogenă în MLH1 confirmă sindromul Lynch. Conform ghidului european EHTG/ESCP din 2021, colonoscopiile încep la 25 de ani și se repetă la 2–3 ani. Supravegherea ginecologică se discută separat, iar rudele de gradul I au o șansă de 50% să fi moștenit varianta.
• Negativ: nu s-a găsit o variantă în MLH1. Când tumora nu are proteina MLH1, rămân de căutat metilarea constituțională a MLH1, variante în PMS2 sau modificări apărute doar în tumoră. Dacă suspiciunea de sindrom Lynch rămâne, în practica noastră discutăm la consultație secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă are vreun efect. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• semnalul chimic care oprește gena MLH1 (metilarea constituțională a promotorului MLH1), prezent încă de la naștere în toate celulele, care cere o analiză separată;
• celelalte gene Lynch (MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM);
• modificările apărute doar în tumoră;
• unele variante legate de boală, pe care tehnologia și cunoștințele medicale de azi nu le pot încă identifica.

Uneori testul nu dă un rezultat concludent.

Cum se face

Proba este de sânge venos recoltat pe EDTA (cel puțin 3 ml; la copii cel puțin 1 ml), într-un centru partener. Se pot trimite și ADN deja extras, frotiu bucal sau salivă. Rezultatul vine, de obicei, în 21 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) a genei MLH1, cu analiza variațiilor numărului de copii (CNV)
• Variante raportate: variante în secvența genei MLH1; variații ale numărului de copii (CNV): deleții și duplicații în gena MLH1
• Gene (1)

  • MLH1
• Probă: sânge periferic recoltat pe EDTA, cel puțin 3 ml (cel puțin 1 ml la copii); se acceptă și ADN extras (cel puțin 20 µl, la 50 ng/µl), frotiu bucal sau salivă (după instrucțiunile kitului)
• Durată: 21 de zile lucrătoare

Context clinic

• Indicații pe tumoră: pierderea MLH1 și PMS2 la imunohistochimie, fără metilarea promotorului MLH1 în tumoră sau fără BRAF V600E (în cancerul colorectal); instabilitate de microsateliți la vârstă tânără. Fără o tumoră testată, se preferă panelul Lynch (HT-0268).