Reinterpretarea datelor existente de exom (WES)

Pe scurt

Reinterpretarea datelor de exom înseamnă o analiză nouă și un raport medical nou pornind de la datele unui exom (WES) secvențiat deja, fără o nouă recoltare și fără o nouă secvențiere. Se potrivește mai ales când ai datele unui exom fără o interpretare clinică potrivită situației tale. Medicul genetician verifică la consultație dacă datele se pot folosi și dacă acesta e pasul potrivit.

Ce analizează

Exomul cuprinde porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine, doar 1–2% din ADN. Secvențierea lui produce un fișier cu „textul” acestor porțiuni. Reinterpretarea pornește de la acest fișier: datele sunt prelucrate din nou și comparate cu bazele de date de acum, iar variantele sunt căutate în funcție de simptomele și istoricul familial discutate la consultație. Între timp se descriu gene noi, iar unele variante incerte sunt reclasificate.

Din datele de exom, analiza caută, în ADN-ul nuclear și în cel mitocondrial, schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctuale) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții mici) în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine, schimbări ale cromozomilor (anomalii cromozomiale, de exemplu o trisomie) și, cu detecție limitată, fragmente mai mari lipsă, în plus sau mutate în alt loc (deleții, duplicații și rearanjamente).

Pentru cine este

• persoană care are datele brute ale unui exom secvențiat în alt laborator sau în alt context, fără o interpretare clinică completă;
• pacient cu un exom făcut în urmă cu câțiva ani, la care între timp au apărut simptome noi;
• familie în care o rudă a primit între timp un diagnostic genetic, iar exomul existent poate fi privit din nou;
• pacient cu o variantă de semnificație incertă (VUS) care merită reevaluată.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă), poate una necunoscută la prima analiză. Conform unei meta-analize din 2022, reanaliza datelor de secvențiere a adus un diagnostic nou la aproximativ 1 din 10 pacienți care nu aveau unul.
• Negativ: nici cu cunoștințele de acum nu s-a găsit o cauză în exom. Dacă suspiciunea de cauză genetică se menține, în practica noastră recomandarea este de obicei secvențierea întregului genom (WGS), de preferat în trio.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS) sau o variantă veche și-a schimbat clasificarea. Medicul genetician îți explică ce înseamnă și dacă e util să fie testați și părinții.

Ce nu poate detecta

Reinterpretarea păstrează limitele exomului inițial:

• variantele din afara exonilor, de exemplu din adâncul porțiunilor dintre exoni (introni) sau din regiunile care reglează genele;
• multe fragmente lipsă sau în plus (deleții și duplicații), fragmentele mutate fără material lipsă sau în plus (rearanjamentele echilibrate), secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții) și semnalele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea);
• regiunile slab acoperite la secvențierea inițială;
• analiza este concepută pentru datele unui anumit tip de platformă de secvențiere; datele cu alte specificații se discută dinainte cu laboratorul; dacă nu se pot folosi, poate fi nevoie de un test nou.

Cum se face

Nu e nevoie de o probă nouă. După consultație, ne trimiți datele exomului și, dacă îl ai, raportul inițial; înainte de analiză se verifică dacă platforma de secvențiere, formatul și calitatea datelor sunt potrivite. La consultație te ajută să ai și dosarul medical: descrierea simptomelor influențează direct interpretarea.

Raportul vine de obicei în 10 zile lucrătoare de la primirea datelor complete. Dacă exomul a fost făcut prin Helixomic, în primele 12 luni după rezultat datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după analiză și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: interpretare bioinformatică și clinică a datelor furnizate de secvențiere de nouă generație (NGS) a exomului; variantele se caută în genomul nuclear și în cel mitocondrial
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; inserții, deleții sau duplicații mici, sub 500 de perechi de baze, în toate genele care codifică proteine; deleții sau duplicații de cel puțin 500 de perechi de baze (CNV), cu detecție limitată; variante structurale (inserții mari, inversiuni, translocații), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie
• Probă: datele existente de secvențiere de nouă generație (NGS) a exomului
• Durată: 10 zile lucrătoare