Reinterpretarea datelor existente de genom (WGS)

Pe scurt

Reinterpretarea datelor de genom înseamnă o analiză nouă și un raport medical nou pornind de la datele unui genom (WGS) secvențiat deja, fără o nouă recoltare și fără o nouă secvențiere. Se potrivește când ai datele unui genom făcut anterior și ai nevoie de o interpretare clinică actualizată. Medicul genetician verifică la consultație dacă datele tale se pot folosi.

Ce analizează

Secvențierea produce un fișier mare cu „textul” ADN-ului tău. Reinterpretarea pornește de la acest fișier: datele sunt prelucrate din nou și comparate cu bazele de date de acum, iar variantele sunt căutate în funcție de simptomele și istoricul familial discutate la consultație.

Genetica avansează repede. În fiecare an se descriu gene noi legate de boli, iar variante considerate incerte sunt reclasificate pe măsură ce apar dovezi. De aceea, o analiză făcută acum poate găsi ceva ce nu se știa la momentul primului raport.

Din datele de genom, analiza caută, în ADN-ul nuclear și în cel mitocondrial, schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctuale), mici fragmente în plus sau lipsă (inserții și deleții mici), fragmente mai mari lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), fragmente mutate în alt loc sau întoarse (rearanjamente structurale), schimbări ale cromozomilor (anomalii cromozomiale) și, în majoritatea cazurilor, secvențe scurte repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții).

Pentru cine este

• persoană care are datele brute ale unui genom secvențiat anterior, în alt laborator sau în alt context, și are nevoie de o interpretare clinică;
• pacient cu un genom făcut acum 1–2 ani sau mai mult, fără diagnostic, la care între timp au apărut simptome noi;
• familie în care o rudă a primit între timp un diagnostic genetic, iar datele unui genom existent pot fi privite din nou;
• pacient cu o variantă de semnificație incertă (VUS) care merită reevaluată.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă), poate una necunoscută sau neinterpretabilă la prima analiză. Conform unei meta-analize din 2022, reanaliza datelor de secvențiere a adus un diagnostic nou la aproximativ 1 din 10 pacienți care nu aveau unul.
• Negativ: nici cu cunoștințele de acum nu s-a găsit o cauză genetică interpretabilă. Rezultatul nu exclude o boală genetică, de exemplu una cauzată de modificări pe care genomul nu le vede bine. Pentru acestea există teste țintite, de exemplu analiza semnalelor chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea) sau testul dedicat pentru sindromul X fragil; la consultație discutăm dacă vreunul are sens în cazul tău.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă de semnificație incertă (VUS) sau o variantă veche și-a schimbat clasificarea. Medicul genetician îți explică ce înseamnă și dacă e util să fie testați și părinții.

Ce nu poate detecta

• nimic din ce nu a fost citit corect la secvențierea inițială: o acoperire mică sau date incomplete limitează analiza;
• tipurile de modificări pe care genomul nu le vede bine, de exemplu semnalele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), unele secvențe repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții) și modificările prezente doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut);
• analiza este concepută pentru datele unui anumit tip de platformă de secvențiere; datele cu alte specificații se discută dinainte cu laboratorul; dacă nu se pot folosi, poate fi nevoie de un test nou.

Cum se face

Nu e nevoie de o probă nouă. După consultație, ne trimiți datele genomului și, dacă îl ai, raportul inițial; înainte de analiză se verifică dacă platforma de secvențiere, formatul și calitatea datelor sunt potrivite. La consultație te ajută să ai și dosarul medical: descrierea simptomelor influențează direct interpretarea.

Raportul vine de obicei în 10 zile lucrătoare de la primirea datelor complete. Dacă genomul a fost făcut prin Helixomic, în primele 12 luni după rezultat datele pot fi reanalizate de două ori, fără cost suplimentar. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după analiză și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: interpretare bioinformatică și clinică a datelor furnizate de secvențiere de nouă generație (NGS) a genomului; variantele se caută în genomul nuclear și în cel mitocondrial
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV); inserții, deleții sau duplicații mici, sub 500 de perechi de baze; deleții sau duplicații de cel puțin 500 de perechi de baze (CNV); variante structurale: inserții de cel puțin 500 de perechi de baze, inversiuni și translocații; expansiuni de repetiții, în majoritatea cazurilor; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie
• Probă: datele existente de secvențiere de nouă generație (NGS) a genomului
• Durată: 10 zile lucrătoare