Panel genetic personalizat din genom, 21–75 de gene

Pe scurt

Testul citește aproape tot ADN-ul (secvențierea întregului genom), dar interpretează doar între 21 și 75 de gene, alese de medicul genetician (panel genetic personalizat). Este util când simptomele arată spre un grup de boli înrudite, cu câteva zeci de gene posibile; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Genomul este întreaga informație genetică a unei persoane: genele, porțiunile dintre ele și ADN-ul mitocondrial. Exomul citește doar porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine, aproximativ 1% din ADN. Variantele din afara acestor porțiuni pot cauza și ele boli, iar genomul le poate vedea.

Laboratorul citește întregul genom prin secvențiere de nouă generație și interpretează doar genele din panel. Datele genomului permit, în principiu, căutarea schimbărilor unei singure „litere” din ADN (variante punctuale), a fragmentelor mici în plus sau lipsă (inserții și deleții mici), a variantelor din afara exonilor și a fragmentelor mai mari lipsă sau în plus (deleții sau duplicații), pe care genomul le vede, în general, mai bine decât exomul. Ce tipuri de variante intră în raportul panelului se confirmă la comandă.

Limitarea la genele din panel reduce șansa unor descoperiri fără legătură cu motivul testării.

Pentru cine este

• persoană cu o boală a unui organ sau sistem care poate fi cauzată de câteva zeci de gene cunoscute;
• pacient cu un sindrom suspectat clinic, din care fac parte mai multe boli înrudite, fiecare cu genele ei;
• pacient la care un test pe exom a găsit o singură variantă într-o genă recesivă din grup, iar a doua lipsește, dacă raportul panelului cuprinde și regiunile din afara exonilor;
• persoană afectată dintr-o familie cu o boală ereditară, când varianta familiei nu s-a găsit încă.

Când tabloul clinic e larg (întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală, mai multe organe afectate), în practica noastră se alege de obicei analiza întregului genom, nu un panel. Dacă în familie există o variantă cunoscută, testul potrivit este, de obicei, unul țintit pe acea variantă.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: într-una dintre genele alese s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă). Rezultatul ajută și la estimarea riscului pentru rude.
• Negativ: în genele alese nu s-a găsit o cauză interpretabilă. Rezultatul nu spune nimic despre celelalte gene. Dacă suspiciunea rămâne, în practica noastră pasul următor este, de regulă, analiza întregului genom (WGS); la consultație discutăm dacă se pot folosi datele deja obținute.
• Neconcludent: s-a găsit o variantă despre care nu se știe încă dacă poate cauza boala (variantă de semnificație incertă, VUS). Testarea părinților sau a altor rude o poate lămuri uneori.

Ce nu poate detecta

Ca metodă, un panel din genom nu vede sau vede greu:

• variantele din genele care nu au fost alese în panel;
• schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificări de metilare);
• secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții), dacă laboratorul nu confirmă că le analizează pentru genele alese;
• modificările care apar doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut) și variantele prezente doar într-un anumit țesut;
• unele regiuni foarte repetitive și genele cu „copii” aproape identice.

Cum se face

Proba (sânge sau salivă) se recoltează după consultație: kitul pentru salivă îți vine acasă prin curier, iar recoltarea se poate face și la un centru de recoltare; tipul de probă se confirmă la comandă. Proba de sânge trebuie să ajungă la laborator în cel mult 5 zile de la recoltare, de aceea momentul recoltării se stabilește dinainte.

Rezultatul vine, de obicei, în 25–35 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului genom (WGS), urmată de interpretarea doar a genelor alese pentru panel
• Durată: 25–35 de zile lucrătoare