Panel genetic personalizat din exom, 76–200 de gene

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului), dar interpretează doar între 76 și 200 de gene, alese de medicul genetician (panel genetic personalizat). Este util când suspiciunea privește un sistem al corpului în care multe gene diferite pot cauza boli asemănătoare; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Exomul reunește porțiunile genelor care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii), aproximativ 1% din ADN, unde se află cele mai multe variante cunoscute care cauzează boli. Testul îl citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) și interpretează doar genele din panel, alese la consultație. Restul exomului nu se interpretează și nu apare în raport.

Exomul se citește, în medie, de 100 de ori (acoperire medie de 100x): peste 97% din exom și peste 99% din genele-cheie pentru diagnostic sunt citite de cel puțin 20 de ori. Datele se păstrează, iar la cererea medicului analiza se poate extinde ulterior la alte gene sau la interpretarea întregului exom, cu un preț stabilit la cerere. Ce tipuri de variante intră în raport, de exemplu dacă se caută și porțiunile lipsă sau în plus (delețiile sau duplicațiile de exoni), se confirmă la comandă. Limitarea la genele din panel reduce șansa unor descoperiri fără legătură cu motivul testării.

Pentru cine este

• persoană cu o boală ereditară a unui organ, de exemplu a inimii, a rinichilor sau a ficatului, la care multe gene pot cauza simptome asemănătoare;
• pacient la care examinarea nu poate deosebi între mai multe forme ale aceleiași boli, fiecare cu genele ei;
• persoană afectată dintr-o familie în care mai multe persoane au aceeași boală, fără o variantă găsită încă.

Când tabloul clinic e larg (întârziere în dezvoltare, dizabilitate intelectuală, mai multe organe afectate), în practica noastră se alege de obicei secvențierea întregului genom. Dacă în familie există o variantă cunoscută, testul potrivit este unul țintit pe acea variantă.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv: într-una dintre genele alese s-a găsit o variantă care explică simptomele (patogenă sau probabil patogenă). Rezultatul ajută și la estimarea riscului pentru rude.
• Negativ: în genele alese nu s-a găsit o cauză interpretabilă. Rezultatul nu spune nimic despre celelalte gene. Dacă suspiciunea rămâne, în practica noastră pasul următor este, de regulă, secvențierea întregului genom (WGS).
• Neconcludent: s-a găsit o variantă despre care nu se știe încă dacă poate cauza boala (variantă de semnificație incertă, VUS). Cu cât lista de gene e mai lungă, cu atât astfel de variante apar mai des. Testarea părinților sau a altor rude o poate lămuri uneori.

Ce nu poate detecta

Ca metodă, un panel din exom nu vede sau vede greu:

• variantele din genele care nu au fost alese în panel;
• variantele din afara exonilor, de exemplu din adâncul porțiunilor dintre exoni (introni) sau din regiunile care reglează genele;
• fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul fără material genetic lipsă sau în plus (rearanjamente echilibrate), cum sunt translocațiile;
• secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiuni de repetiții) și schimbările semnelor chimice care pornesc sau opresc genele (modificări de metilare);
• genele cu „copii” aproape identice și modificările prezente doar într-o mică parte dintre celule (mozaicism de nivel scăzut);
• regiunile citite de prea puține ori (acoperite insuficient): peste 97% din exom este citit de cel puțin 20 de ori, dar nu tot.

Cum se face

Proba (sânge sau salivă) se recoltează după consultație: kitul pentru salivă îți vine acasă prin curier, iar recoltarea se poate face și la un centru de recoltare; tipul de probă se confirmă la comandă. Proba de sânge trebuie să ajungă la laborator în cel mult 5 zile de la recoltare, de aceea momentul recoltării se stabilește dinainte.

Rezultatul vine, de obicei, în 20–30 de zile lucrătoare de la sosirea probei în laborator. Prețul include consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea întregului exom (WES), cu un design optimizat pentru o acoperire uniformă, acoperire medie de 100x și peste 19.300 de gene citite (peste 97% din exom la peste 20x, peste 99% în genele-cheie pentru diagnostic); se interpretează doar genele alese pentru panelul virtual
• Durată: 20–30 de zile lucrătoare