Panel genetic pentru cancer pulmonar ereditar

Pe scurt

Panel genetic de 5 gene pentru predispoziția moștenită la cancerul pulmonar: EGFR, TP53, STK11, BRCA1 și BRCA2. Este pentru persoanele cu cancer pulmonar fără fumat, la vârstă tânără sau cu mai multe rude afectate. Medicul genetician stabilește, la consultație, dacă testul ți se potrivește.

Ce analizează

Un panel genetic analizează deodată mai multe gene care pot cauza aceleași semne sau aceeași problemă de sănătate. Secvențierea de nouă generație (NGS) citește în paralel ADN-ul acestor gene, mai ales porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii). Testul caută variantele cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Testul analizează 5 gene.

Ce raportează:

• variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții
• deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare
• variante intronice cunoscute ca patogene
• variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată
• mozaicism, în unele cazuri

Pentru cine este

• cancer pulmonar la o persoană care nu a fumat, mai ales la vârstă tânără;
• două sau mai multe rude cu cancer pulmonar, inclusiv nefumători;
• tumoră pulmonară în care varianta EGFR T790M a fost găsită înainte de tratamentul țintit;
• cancer pulmonar într-o familie cu sarcoame, cancer de sân la vârstă tânără, tumori cerebrale sau alte cancere la copii.

Rudele fără simptome fac testul țintit pentru varianta familială, după ce persoana afectată a fost testată; dacă ea a decedat fără test, se analizează întâi ADN-ul păstrat de la ea.

Ce poate arăta rezultatul

• Pozitiv, EGFR: o variantă moștenită care crește riscul de cancer pulmonar. Programul de urmărire se stabilește individual, cu medicul pneumolog.
• Pozitiv, TP53: sindromul Li-Fraumeni. Conform GeneReviews, urmărirea include RMN anual al întregului corp și al creierului, iar radioterapia se evită, pe cât posibil, la tratarea altor cancere.
• Pozitiv, BRCA1, BRCA2 sau STK11: rezultatul schimbă mai ales urmărirea pentru alte cancere și poate conta pentru tratament.
• Negativ: nu s-a găsit o cauză moștenită în genele analizate. Riscul rămâne cel dat de fumat, de mediu și de istoricul familial. Dacă suspiciunea de cancer ereditar rămâne, în practica noastră discutăm la consultație secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă crește riscul. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• O deleție de un singur exon poate scăpa uneori: sensibilitatea analizei CNV este de peste 92% pentru delețiile de un exon și de peste 96% pentru cele de trei sau mai mulți exoni.
• Analiza CNV din datele de secvențiere are sensibilitate și specificitate mai mici decât o metodă de cuantificare directă, ca MLPA, și nu vede rearanjamentele echilibrate (translocații, inversiuni), iar lipsa unui CNV raportat nu garantează că nu există. Pentru genele BRCA1 și BRCA2 se poate comanda opțional și analiza MLPA.
• Pot exista variante în regiunile care nu se analizează (de exemplu introni, promotori, regiuni reglatoare și repetiții lungi), iar în regiunile cu mai multe copii aproape identice în genom îmbogățirea și identificarea variantelor pot fi mai puțin precise.
• Analiza este optimizată pentru variantele moștenite (germinale): mozaicismul somatic de nivel scăzut nu poate fi evaluat sigur și poate rămâne nedetectat.
• Pentru genele adăugate pentru diagnostic diferențial se raportează doar variantele patogene și probabil patogene, nu și variantele de semnificație incertă.
• Se raportează genele panelului și cele de diagnostic diferențial; alte gene sau seturi de gene se pot comanda în plus, fără o nouă secvențiere.
• Lista de gene se actualizează periodic, așa că genele analizate efectiv pot diferi ușor de lista publicată.
• Clasificarea variantelor se poate schimba în timp, pe măsură ce apar date noi.

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt incluse în panel și cauzele genetice încă necunoscute;
• modificările apărute în timpul vieții doar într-un țesut, de exemplu într-o tumoră (variante somatice);
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată), sau ADN genomic, 1–2 µg; se acceptă și card cu picături de sânge uscat (cel puțin 5 picături), iar după un transplant de celule stem se trimite salivă în loc de sânge. Rezultatul este gata în aproximativ 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe o îmbogățire de tip exom, care acoperă toate regiunile codante și toate variantele intronice și intergenice patogene cunoscute; se analizează complet genele panelului, iar analiza se extinde la gene suplimentare pentru diagnostic diferențial
• Variante raportate: variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții; deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare; variante intronice cunoscute ca patogene; variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată; mozaicism, în unele cazuri
• Gene (5)

  • BRCA1
  • BRCA2
  • EGFR
  • TP53
  • STK11
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată), sau ADN genomic, 1–2 µg; se acceptă și card cu picături de sânge uscat (cel puțin 5 picături), iar după un transplant de celule stem se trimite salivă în loc de sânge
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• EGFR germinal: conform Oxnard 2023 (J Clin Oncol), purtătorii unor variante moștenite EGFR au un risc ridicat de cancer pulmonar, iar autorii propun urmărire prin tomografie computerizată; propunerea vine dintr-un singur studiu, nu dintr-un ghid.
• BRCA1, BRCA2 și STK11: legătura directă cu cancerul pulmonar nu este precizată în ghidurile acestor gene; fișa nu dă cifre de risc pulmonar, iar un rezultat se interpretează în cadrul sindromului genei (cancer de sân și ovar ereditar, sindrom Peutz-Jeghers).