Analiza mutațiilor somatice în genele MMR pe țesut tumoral

Pe scurt

Testul analizează, în ADN-ul extras din tumoră, cele patru gene ale sistemului de reparare a erorilor ADN (MMR): MLH1, MSH2, MSH6 și PMS2. Se face când o tumoră, de obicei colorectală sau endometrială, are un deficit MMR a cărui cauză nu este clară. Rezultatul ajută la deosebirea unui sindrom Lynch moștenit de un defect apărut doar în tumoră.

Ce analizează

Când își copiază ADN-ul, celulele greșesc uneori, iar sistemul MMR corectează erorile. Fiecare genă MMR există în două copii. Pentru ca sistemul să nu mai funcționeze în tumoră, ambele copii ale aceleiași gene trebuie să fie afectate.

Un deficit MMR apare, în principiu, pe trei căi. Prima este metilarea promotorului MLH1, o modificare chimică apărută doar în tumoră. A doua este sindromul Lynch: o copie e afectată de la naștere, în toate celulele, iar a doua se pierde în tumoră. A treia înseamnă două mutații dobândite, ambele doar în tumoră.

Testul citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) porțiunile celor patru gene care conțin instrucțiunile pentru proteine (regiunile codante) și caută, în tumoră, schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții).

Pentru cine este

• tumoră colorectală sau endometrială cu deficit MMR, fără metilarea promotorului MLH1 și fără variantă moștenită găsită la testul din sânge;
• tumoră cu deficit MMR la care medicul vrea să vadă ce genă este afectată, de regulă împreună cu testul genetic din sânge;
• familie în care se discută sindromul Lynch, dar persoana cu cancer nu are o variantă moștenită identificată.

Ce poate arăta rezultatul

• Două variante patogene în aceeași genă, potrivite cu analizele de rutină ale tumorii: susțin un deficit apărut doar în tumoră, fără o cauză moștenită. Pentru tine și pentru rude, asta poate schimba planul de supraveghere, discutat la consultație.
• O singură variantă patogenă: rezultatul e incomplet. A doua copie poate fi pierdută printr-un mecanism pe care testul nu îl vede sau varianta poate fi moștenită; atunci se verifică în sânge.
• O variantă care poate fi moștenită: dacă nu s-a făcut încă, discutăm testul genetic din sânge, important și pentru rude.
• Nicio variantă găsită: rezultatul nu explică deficitul MMR și nu exclude o cauză moștenită. Dacă suspiciunea de sindrom Lynch rămâne, în practica noastră discutăm la consultație secvențierea întregului genom (WGS).
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o variantă despre care nu se știe încă dacă are vreun efect; până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale.

Ce nu poate detecta

• metilarea promotorului MLH1, care se analizează separat;
• delețiile mari din genele MMR și din gena EPCAM, precum și rearanjamentele, care pot produce un sindrom Lynch;
• statusul MMR/MSI al tumorii, care se determină separat;
• variantele dintr-o probă cu prea puține celule tumorale;
• originea unei variante: testul pe tumoră nu poate spune singur dacă varianta a apărut doar în tumoră (somatică) sau este moștenită (germinală).

Cum se face

De obicei nu e nevoie de o recoltare nouă: se folosește blocul de parafină din biopsie sau din operație, păstrat de serviciul de anatomie patologică, împreună cu buletinul histopatologic și rezultatele analizelor MMR ale tumorii. Se pot trimite și secțiuni nevopsite din bloc sau ADN extras din tumoră. Proba trebuie să conțină cel puțin 20% celule tumorale. Durata analizei ți-o confirmăm la consultație. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe ADN extras din țesutul tumoral, cu îmbogățirea prin hibridizare în soluție a regiunilor codante și a regiunilor intronice învecinate (±8 perechi de baze), la o acoperire medie de aproximativ 1.000x
• Variante raportate: variante punctiforme (de un singur nucleotid, SNV) și mici inserții sau deleții; variante structurale (fuziuni sau translocații) selectate, relevante pentru tratament, evaluate la nivel ADN în genele ALK, BRAF, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, RET și ROS1
• Gene (4)

  • MLH1
  • MSH2
  • MSH6
  • PMS2
• Probă: țesut tumoral fixat în formol și inclus în parafină (FFPE), cu cel puțin 20% celule tumorale (blocul de parafină este proba recomandată; se pot trimite și cel puțin 10 secțiuni nevopsite de 10 µm, de 5 × 5 mm, sau ADN tumoral peste 200 ng; dacă e posibil, și lame colorate H&E cu zona tumorală marcată)
• Durată: se comunică la consultație

Context clinic

• Indicația: deficit MMR (pierderea unei proteine MMR la imunohistochimie sau MSI), fără metilarea promotorului MLH1 și fără variantă germinală («Lynch-like»). Rezultatul se citește în concordanță cu proteina pierdută la imunohistochimie.
• Într-un singur studiu (Haraldsdottir 2014), două mutații somatice MMR au explicat deficitul la 22 din 32 de pacienți cu cancer colorectal sau endometrial «Lynch-like».