Panel de mutații somatice pe țesut tumoral pentru tumori stromale gastrointestinale

Pe scurt

Panelul analizează, în tumora stromală gastrointestinală (GIST), 8 gene: KIT, PDGFRA, BRAF, cele patru gene SDH (SDHA, SDHB, SDHC, SDHD) și TP53. Rezultatul confirmă tipul molecular al tumorii, arată cât de probabil răspunde la tratamentul țintit și poate semnala o formă moștenită. Se face pe țesutul deja recoltat la biopsie sau la operație.

Ce analizează

GIST este o tumoră care pornește din celulele care coordonează mișcările tubului digestiv, cel mai des în stomac sau în intestinul subțire. În majoritatea cazurilor, creșterea ei este pornită de o mutație dobândită în gena KIT sau în gena PDGFRA. Mutațiile de acest fel se numesc somatice: există doar în tumoră și nu se moștenesc.

Testul citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) porțiunile celor 8 gene care conțin instrucțiunile pentru proteine (regiunile codante). Caută schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții). Genele SDH formează un complex enzimatic al mitocondriilor. Când acest complex nu funcționează, apare un tip separat de GIST, numit GIST cu deficit SDH. În plus, testul verifică un set de rearanjamente (fuziuni) în genele ALK, BRAF, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, RET și ROS1.

Pentru cine este

• GIST nou diagnosticat, înainte de decizia despre tratamentul țintit după operație sau despre tratamentul bolii avansate;
• GIST fără mutație KIT sau PDGFRA la un test anterior;
• GIST apărut la o vârstă tânără sau cu mai multe tumori în stomac, situații în care se caută deficitul SDH;
• GIST care progresează sub tratament, când se caută mutații de rezistență pe o biopsie nouă.

Ghidul ESMO-EURACAN-GENTURIS din 2022 consideră analiza mutațiilor KIT și PDGFRA parte din evaluarea standard a GIST, iar recomandările ESMO din 2024 includ GIST printre tumorile la care secvențierea NGS a tumorii se face de rutină.

Ce poate arăta rezultatul

• Mutație KIT în exonul 11: forma cea mai frecventă, de obicei sensibilă la tratamentul țintit standard.
• Mutație KIT în exonul 9: în boala avansată, conform ghidului, se ia în calcul o doză mai mare a aceluiași tratament.
• Mutația PDGFRA D842V: tumora nu răspunde la tratamentul țintit standard, iar medicul oncolog poate alege un alt tratament țintit, activ pe această mutație.
• Mutații în genele SDH: GIST cu deficit SDH, care răspunde mai slab la tratamentul țintit standard. Aceste variante pot fi și moștenite, așa că discutăm la consultație un test genetic din sânge, important și pentru rude.
• Nicio mutație găsită: GIST fără mutații în aceste gene, la care se caută alte cauze.
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o variantă despre care nu se știe încă dacă are vreun efect; până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale.

Ce nu poate detecta

• mutațiile genei NF1, implicate în GIST-urile din neurofibromatoza de tip 1, și fuziunile NTRK;
• deficitul SDH produs de metilarea promotorului SDHC, care nu este o mutație și se vede prin analize de rutină ale țesutului;
• amplificările și delețiile mari de gene;
• mutațiile de rezistență prezente doar în alte leziuni decât cea analizată;
• originea unei variante: testul pe tumoră nu poate spune singur dacă varianta a apărut doar în tumoră (somatică) sau este moștenită (germinală).

Cum se face

De obicei nu e nevoie de o recoltare nouă: se folosește blocul de parafină cu țesutul din biopsie sau din operație, păstrat de serviciul de anatomie patologică, împreună cu rezultatul analizei la microscop a țesutului (buletinul histopatologic). Se pot trimite și secțiuni nevopsite din bloc sau ADN extras din tumoră. Proba trebuie să conțină cel puțin 20% celule tumorale. Durata analizei ți-o confirmăm la consultație. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe ADN extras din țesutul tumoral, cu îmbogățirea prin hibridizare în soluție a regiunilor codante și a regiunilor intronice învecinate (±8 perechi de baze), la o acoperire medie de aproximativ 1.000x
• Variante raportate: variante punctiforme (de un singur nucleotid, SNV) și mici inserții sau deleții; variante structurale (fuziuni sau translocații) selectate, relevante pentru tratament, evaluate la nivel ADN în genele ALK, BRAF, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, RET și ROS1
• Gene (8)

  • BRAF
  • KIT
  • PDGFRA
  • SDHA
  • SDHB
  • SDHC
  • SDHD
  • TP53
• Probă: țesut tumoral fixat în formol și inclus în parafină (FFPE), cu cel puțin 20% celule tumorale (blocul de parafină este proba recomandată; se pot trimite și cel puțin 10 secțiuni nevopsite de 10 µm, de 5 × 5 mm, sau ADN tumoral peste 200 ng; dacă e posibil, și lame colorate H&E cu zona tumorală marcată)
• Durată: se comunică la consultație

Context clinic

• Tratamentul țintit standard este imatinibul. Conform ESMO-EURACAN-GENTURIS 2022, în boala avansată mutația KIT din exonul 9 justifică o doză mai mare de imatinib, iar PDGFRA D842V este rezistentă la imatinib și orientează spre avapritinib.
• GIST-ul la vârstă tânără sau multifocal în stomac sugerează deficitul SDH. Imunohistochimia SDHB îl confirmă, inclusiv când e produs de metilarea promotorului SDHC, pe care secvențierea nu o vede.