Panel de mutații somatice pe țesut tumoral pentru gliom

Pe scurt

Panelul analizează, în ADN-ul extras din tumora cerebrală, 11 gene folosite pentru diagnosticul molecular al gliomului: IDH1, IDH2, ATRX, TP53, TERT, genele histonelor H3, BRAF, EGFR, PTEN și PIK3CA. Rezultatul ajută la încadrarea exactă a tumorii după clasificarea Organizației Mondiale a Sănătății (OMS) și, uneori, la alegerea unui tratament țintit. Se face pe țesutul deja recoltat la biopsie sau la operație.

Ce analizează

Gliomul pornește din celulele de susținere ale creierului. Din 2021, clasificarea OMS a tumorilor sistemului nervos central pune diagnosticul integrând aspectul la microscop cu modificările moleculare ale tumorii. Aceste modificări sunt somatice: apar doar în celulele tumorii și nu se moștenesc.

Testul citește prin secvențiere de nouă generație (NGS) genele IDH1, IDH2, ATRX, TP53, TERT, H3-3A și H3C2 (genele histonelor H3), BRAF, EGFR, PTEN și PIK3CA. Caută schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante punctiforme) și mici fragmente în plus sau lipsă (inserții sau deleții). Histonele sunt proteinele în jurul cărora se înfășoară ADN-ul, iar unele mutații ale lor definesc tipuri distincte de gliom, mai ales la copii și adulți tineri. În plus, testul verifică un set de rearanjamente (fuziuni) în genele ALK, BRAF, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, RET și ROS1.

Pentru cine este

• gliom nou diagnosticat la adult, când anatomopatologul și oncologul au nevoie de profilul molecular pentru diagnosticul integrat;
• gliom la copil sau adult tânăr, când se caută mutațiile histonelor H3 sau ale genei BRAF;
• analiză de rutină a țesutului negativă sau neclară pentru IDH, când trebuie căutate și celelalte mutații IDH;
• gliom recidivat, când se caută o opțiune țintită sau un studiu clinic.

Ce poate arăta rezultatul

• Mutație IDH1 sau IDH2: tumora este un gliom IDH-mutant, astrocitom sau oligodendrogliom, cu prognostic mai bun decât glioblastomul. Deosebirea dintre ele cere analiza pierderii brațului scurt al cromozomului 1 și a brațului lung al cromozomului 19 (codeleția 1p/19q), care se face separat.
• IDH normal, cu mutație în zona care pornește gena TERT (promotorul TERT): la un adult cu gliom difuz, susține diagnosticul de glioblastom fără mutație IDH (IDH-wildtype), conform clasificării OMS din 2021. Îți confirmăm la consultație dacă analiza acoperă regiunea promotorului TERT.
• Mutație ATRX sau TP53: susține, alături de IDH, încadrarea ca astrocitom.
• Mutație a histonei H3 (de exemplu K27M sau G34): definește tipuri distincte de gliom difuz, mai frecvente la copii și adulți tineri.
• Mutație BRAF V600E: poate permite un tratament țintit.
• Variantă de semnificație incertă (VUS): o variantă despre care nu se știe încă dacă are vreun efect; până se lămurește, nu se folosește pentru decizii medicale.

Ce nu poate detecta

• modificările numărului de copii ale unor regiuni sau gene, de exemplu codeleția 1p/19q, folosite de OMS pentru diagnostic și grad, care se analizează separat;
• semnul chimic care oprește gena MGMT (metilarea promotorului MGMT), care contează pentru alegerea chimioterapiei;
• fuziunile din afara setului analizat;
• mutațiile prezente într-o probă cu prea puține celule tumorale, situație frecventă la biopsiile stereotactice mici;
• originea unei variante: testul pe tumoră nu poate spune singur dacă varianta a apărut doar în tumoră (somatică) sau este moștenită (germinală).

Cum se face

De obicei nu e nevoie de o recoltare nouă: se folosește blocul de parafină cu țesutul din biopsie sau din operație, păstrat de serviciul de anatomie patologică, împreună cu rezultatul analizei la microscop a țesutului (buletinul histopatologic). Se pot trimite și secțiuni nevopsite din bloc sau ADN extras din tumoră. Proba trebuie să conțină cel puțin 20% celule tumorale. Durata analizei ți-o confirmăm la consultație. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe ADN extras din țesutul tumoral, cu îmbogățirea prin hibridizare în soluție a regiunilor codante și a regiunilor intronice învecinate (±8 perechi de baze), la o acoperire medie de aproximativ 1.000x
• Variante raportate: variante punctiforme (de un singur nucleotid, SNV) și mici inserții sau deleții; variante structurale (fuziuni sau translocații) selectate, relevante pentru tratament, evaluate la nivel ADN în genele ALK, BRAF, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, RET și ROS1
• Gene (11)

  • ATRX
  • BRAF
  • EGFR
  • H3-3A
  • H3C2
  • IDH1
  • IDH2
  • PIK3CA
  • PTEN
  • TERT
  • TP53
• Probă: țesut tumoral fixat în formol și inclus în parafină (FFPE), cu cel puțin 20% celule tumorale (blocul de parafină este proba recomandată; se pot trimite și cel puțin 10 secțiuni nevopsite de 10 µm, de 5 × 5 mm, sau ADN tumoral peste 200 ng; dacă e posibil, și lame colorate H&E cu zona tumorală marcată)
• Durată: se comunică la consultație

Context clinic

• Panelul completează analizele de număr de copii și de metilare, nu le înlocuiește. Diagnosticul integrat OMS 2021 cere și codeleția 1p/19q, deleția homozigotă CDKN2A/B, amplificarea EGFR și +7/−10; metilarea promotorului MGMT contează pentru temozolomidă.
• Imunohistochimia IDH1 R132H precede de obicei testul; conform EANO, secvențierea IDH se face când ea este negativă, mai ales la pacienții mai tineri.
• Pentru BRAF V600E, tratamentul țintit sunt inhibitorii BRAF.