Panel genetic pentru calcificări intracerebrale

Pe scurt

Panel genetic de 30 de gene pentru depozitele de calciu din creier (calcificări cerebrale), de exemplu calcificarea cerebrală familială primară. Este pentru adulții și copiii la care calcificările nu au o cauză metabolică sau infecțioasă. Medicul genetician stabilește, la consultație, dacă testul ți se potrivește.

Ce analizează

Un panel genetic analizează deodată mai multe gene care pot cauza aceleași semne sau aceeași problemă de sănătate. Secvențierea de nouă generație (NGS) citește în paralel ADN-ul acestor gene, mai ales porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii). Testul caută variantele cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă), și se interpretează împreună cu istoricul personal și al familiei.

Testul analizează 30 de gene.

Ce raportează:

• variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții
• deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare
• variante intronice cunoscute ca patogene
• variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată
• mozaicism, în unele cazuri

Pentru cine este

• adult cu calcificări de ambele părți ale unor zone adânci ale creierului (nucleii bazali), după ce analizele de sânge au exclus o cauză metabolică;
• calcificări cerebrale asociate cu tulburări de mișcare, dureri de cap (cefalee), schimbări de dispoziție sau scăderea memoriei și a gândirii (declin cognitiv);
• mai multe persoane din aceeași familie cu calcificări cerebrale;
• sugar sau copil mic cu o afectare a creierului apărută devreme (encefalopatie) și calcificări cerebrale, la care o infecție congenitală a fost exclusă;
• calcificări cerebrale împreună cu leziuni ale substanței albe sau chisturi pe RMN.

Ce poate arăta rezultatul

Pozitiv: s-a găsit cauza genetică a calcificărilor. În calcificarea cerebrală familială primară, mulți purtători au calcificări vizibile pe imagistică fără să aibă simptome, iar severitatea diferă mult chiar în aceeași familie. În formele dominante, fiecare copil al unei persoane cu varianta are o șansă de 50% să o moștenească. Sindromul Aicardi-Goutières se transmite, de cele mai multe ori, autozomal recesiv, de la ambii părinți purtători, așa că rezultatul contează pentru planificarea unei viitoare sarcini.

Negativ: nu s-a găsit o cauză în genele analizate. Conform GeneReviews, o variantă în genele cunoscute se găsește doar la 30–60% dintre persoanele cu diagnostic clinic de calcificare cerebrală familială primară, deci un rezultat negativ nu exclude boala. Dacă suspiciunea rămâne, pasul următor îl stabilim împreună, la consultație.

Variantă de semnificație incertă (VUS): o modificare despre care nu se știe încă dacă cauzează boala. Până se lămurește, nu se folosește pentru decizii, iar cu timpul poate fi reclasificată.

Ce nu poate detecta

• O deleție de un singur exon poate scăpa uneori: sensibilitatea analizei CNV este de peste 92% pentru delețiile de un exon și de peste 96% pentru cele de trei sau mai mulți exoni.
• Pentru genele adăugate pentru diagnostic diferențial se raportează doar variantele patogene și probabil patogene, nu și variantele de semnificație incertă.
• Dacă proba nu are calitatea necesară, analiza poate eșua.

Ca orice panel, testul nu poate arăta:

• variantele din genele care nu sunt incluse în panel și cauzele genetice încă necunoscute;
• modificările apărute în timpul vieții doar într-un țesut, de exemplu într-o tumoră (variante somatice);
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă. Rezultatul este gata în aproximativ 15–20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențiere de nouă generație (NGS) pe o îmbogățire de tip exom (hibridizare în soluție), care acoperă toate regiunile codante, regiunile intronice adiacente și variantele intronice și intergenice descrise ca relevante pentru boală, plus transcriptele ARN relevante clinic; se analizează genele panelului
• Variante raportate: variante punctiforme (de un singur nucleotid) și mici inserții sau deleții; deleții și duplicații de unul sau mai mulți exoni (CNV), confirmate prin MLPA sau qPCR înainte de raportare; variante intronice cunoscute ca patogene; variante din ADN-ul mitocondrial cunoscute ca asociate cu boala căutată; mozaicism, în unele cazuri
• Gene (30)

  • ADAR
  • AP1S2
  • CMPK2
  • COL4A1
  • CTC1
  • CYP2U1
  • FARSA
  • FARSB
  • IFIH1
  • JAM2
  • JAM3
  • MYORG
  • NAA60
  • NRROS
  • PDGFB
  • PDGFRB
  • RNASEH2A
  • RNASEH2B
  • RNASEH2C
  • RNASET2
  • RNU7-1
  • SAMHD1
  • SLC20A2
  • SNORD118
  • STN1
  • TINF2
  • TREM2
  • TREX1
  • TYROBP
  • XPR1
• Probă: sânge recoltat pe EDTA, 1–2 ml (proba recomandată); se pot folosi și ADN genomic (1–2 µg), card cu picături de sânge uscat, frotiu bucal sau salivă
• Durată: 15–20 de zile lucrătoare

Context clinic

• Înaintea testului se exclud cauzele secundare pe care GeneReviews le enumeră în diagnosticul diferențial: hipoparatiroidismul, insuficiența renală, infecțiile, traumatismele și toxicele.
• Analizele de bază sunt calciul, fosforul, parathormonul și funcția renală; evaluarea se completează la consultație, după tabloul clinic.