Panel genetic pentru lipofuscinoze ceroide neuronale

Pe scurt

Testul citește aproape toate genele (secvențierea exomului) și le interpretează pentru lipofuscinozele ceroide neuronale (NCL), boli ereditare rare în care anumite substanțe grase se acumulează în celule, iar creierul și vederea sunt afectate treptat. Cuprinde toate cele 12 gene cunoscute pentru aceste afecțiuni. Este pentru copiii și, mai rar, adulții cu crize epileptice, scăderea vederii sau pierderea unor abilități deja câștigate; medicul genetician stabilește, la consultație, dacă este testul potrivit.

Ce analizează

Testul citește, în aproape toate genele, porțiunile care conțin instrucțiunile pentru proteine (exonii, care împreună formează exomul), precum și ADN-ul mitocondrial. Interpretarea pornește de la afecțiunea pentru care se face testul: medicul genetician transmite semnele și istoricul familiei, iar raportul cuprinde variantele legate de această afecțiune, cu care persoana s-a născut, fie moștenite, fie apărute pentru prima dată la ea. Fiecare variantă se clasifică după criterii internaționale, de la fără efect (benignă) la cauzatoare de boală (patogenă). Separat, raportul poate cuprinde statutul de purtător pentru bolile recesive și descoperirile secundare din lista de gene ACMG: variante legate de alte afecțiuni, fără legătură cu motivul testării, pentru care există prevenție sau tratament. Le alegi la consimțământ, după discuția cu medicul genetician; pentru un copil, aleg părinții.

Exomul include toate cele 12 gene cunoscute pentru afecțiune.

Ce raportează:

• schimbări ale unei singure „litere” din ADN (variante de un singur nucleotid, SNV), în toate genele care conțin instrucțiuni pentru proteine
• mici fragmente de ADN în plus sau lipsă (inserții și deleții mici, indeluri), în aceleași gene
• fragmente mai mari de ADN lipsă sau în plus (deleții și duplicații, CNV), pe care testul le vede doar în parte
• schimbări ale cromozomilor: un cromozom lipsă sau în plus (monosomii, trisomii), ambele copii ale unui cromozom moștenite de la același părinte (disomie uniparentală) sau un set întreg de cromozomi în plus (triploidie)
• variante ale ADN-ului mitocondrial
• variante cunoscute care cauzează boli, din afara porțiunilor care conțin instrucțiuni pentru proteine (variante necodante)
• o variantă de un singur nucleotid prezentă doar într-o parte dintre celule (mozaicism), de la o fracție alelică de peste 5%

Pentru cine este

• copil mic, de obicei între 2 și 4 ani, cu crize epileptice noi, mers nesigur și pierderea unor abilități;
• copil de vârstă școlară a cărui vedere scade progresiv, urmată de dificultăți de învățare, de vorbire sau de mișcare;
• sugar care pierde abilități deja câștigate (regres în dezvoltare), cu zvâcniri musculare (mioclonii) și crize;
• adult cu tulburări de mișcare și scăderea memoriei și a gândirii (declin cognitiv), care se agravează în timp, fără o cauză găsită;
• copil la care testele enzimatice din sânge au arătat o activitate scăzută a enzimelor PPT1 sau TPP1.

Ce poate arăta rezultatul

Pozitiv: s-a găsit cauza genetică și se știe despre ce formă de NCL este vorba. Forma contează pentru evoluție și pentru tratament. Pentru CLN2 (gena TPP1) există un tratament țintit, care înlocuiește enzima lipsă (substituție enzimatică), autorizat în Uniunea Europeană. Pentru celelalte forme, îngrijirea se concentrează pe controlul crizelor, pe susținerea vederii, a mișcării și a comunicării.

Cele mai multe forme se transmit recesiv: boala apare când ambele copii ale genei sunt modificate, iar fiecare frate sau soră are la concepție o șansă de 25% să fie afectat. CLN4, cu debut la adult, se transmite dominant: o singură copie modificată este suficientă.

Negativ: nu s-a găsit o cauză în cele 12 gene. Rezultatul nu exclude o cauză genetică: dacă suspiciunea rămâne, pasul următor pe care îl discutăm de obicei la consultație este secvențierea întregului genom (WGS).

Incert (VUS): s-a găsit o variantă despre care nu se știe încă dacă are vreun efect (variantă de semnificație incertă). Testele care măsoară activitatea enzimelor și testarea părinților ajută adesea la lămurirea ei.

Ce nu poate detecta

• Testul nu este potrivit pentru modificările apărute doar într-o tumoră (variante somatice), pentru demență, bolile psihiatrice sau bolile neurodegenerative care încep târziu și nici pentru probe recoltate în sarcină (prenatale).
• Nu vede fragmentele de cromozom care și-au schimbat locul (translocațiile), moștenirea doar a unei porțiuni de cromozom de la un singur părinte (disomia uniparentală parțială), semnele chimice care pornesc sau opresc genele (metilarea), schimbul de secvență între gene foarte asemănătoare (conversiile genice), variantele prezente în foarte puține celule (mozaicism sub 5%) și variantele prezente într-o mică parte din ADN-ul mitocondrial (heteroplasmie sub 5%).
• Nu vede secvențele scurte repetate de prea multe ori (expansiunile de repetiții); pentru ele se face un test țintit.
• Interpretarea se sprijină pe informațiile clinice și pe istoricul familial transmise: dacă acestea sunt incomplete sau greșite, și interpretarea poate fi.
• Pe măsură ce bazele de date cu variante cresc, o variantă raportată poate fi reclasificată.
• O variantă poate să nu fie recunoscută drept cauza bolii, pentru că funcția unor gene și efectul unor variante nu sunt încă bine cunoscute.

Ca orice exom, testul nu vede sigur:

• majoritatea variantelor din afara exonilor, de exemplu din regiunile care reglează genele;
• unele porțiuni lipsă sau în plus (deleții și duplicații), mai ales cele mici, de un singur exon;
• genele cu „copii” aproape identice în altă parte a genomului;
• de obicei, dacă și când vor apărea semnele sau cât de severe vor fi: aceeași variantă se poate manifesta diferit în aceeași familie.

Cum se face

Proba poate fi un frotiu bucal (de pe interiorul obrazului), sânge, câteva picături de sânge uscate pe un card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat. Rezultatul este gata în aproximativ 20 de zile lucrătoare de la primirea probei în laborator. Consultațiile de genetică medicală dinainte și de după test și interpretarea rezultatului sunt incluse în preț.

Pentru medici

• Metodă: secvențierea exomului prin secvențiere de nouă generație (NGS), după îmbogățirea exonilor genelor care codifică proteine și a ADN-ului mitocondrial; acoperire medie de cel puțin 100×, cu 99,7% din regiunile țintă acoperite de cel puțin 20 de ori; raportul cuprinde variantele legate de indicația pentru care s-a cerut testul
• Variante raportate: variante de un singur nucleotid (SNV), în toate genele care codifică proteine; mici inserții și deleții (indeluri), în toate genele care codifică proteine; deleții și duplicații mai mari (CNV), cu detecție limitată; anomalii cromozomiale: monosomii, trisomii, disomie uniparentală, triploidie; variante ale ADN-ului mitocondrial; variante necodante cunoscute ca producătoare de boală; mozaicism pentru variantele de un singur nucleotid, de la o fracție alelică de peste 5%
• Gene (12)

  • CLN3
  • CLN5
  • CLN6
  • CLN8
  • CTSD
  • CTSF
  • DNAJC5
  • GRN
  • KCTD7
  • MFSD8
  • PPT1
  • TPP1
• Probă: frotiu bucal, sânge, picătură de sânge uscată pe card (DBS), salivă sau ADN deja extras într-un laborator calificat
• Durată: 20 de zile lucrătoare

Context clinic

• CLN2: cerliponaza alfa, administrată intracerebroventricular, autorizată în UE din 2017 (EMA).
• Dozarea activității PPT1 și TPP1 poate preceda testul genetic sau se poate face în paralel, după suspiciune; ajută și la lămurirea unei VUS.